Handbollen i Ekenäs går så långt bak i tiden som tidigt 1940- tal då många byar i Västnyland började spela den danska bollsporten. William Olsen som var dansk men som bosatt sig i Fiskars introducerade handbollen för västnylänningarna. I Ekenäs IF var det först damerna som hittade den nya sporten med just Olsen som instruktör . Herbert Holmberg fungerade som tränare och lagledare. Damerna spelade med ett A och ett B lag. November 1945 grundades EIF:s handbollssektion. Under de första åren gick det mycket bra för EIF och många spännande matcher spelades bl.a. mot Hangö IK: s damer. Även herrarna i Ekenäs fick upp ögonen för sporten och vann ett distriktsmästerskap.
Efter några år då handbollen gick på sparlåga i Ekenäs väcktes herrhandbollen på nytt till liv i mitten av 60-talet då det gavs möjlighet att träna i Dragsvik idrottshall. Herrarna gick upp till en högre liga och krävde mera träningstider men hallen skulle delas med garnisonen och andra idrotter så halltiderna räckte inte till. Detta satte käppar i hjulet och i början av 70-talet hade herrarna kastat in handduken och damerna dominerade. Damerna tog ett brons i landets högsta serie 1973 men efter denna framgång kämpade föreningen med ekonomiska svårigheter och EIF tvingades dra sig ur serien.
1985 byggdes Ekenäs bollhall och exakt fyrtio år efter att EIF:s handbollssektion grundades återuppstod handbollen i Ekenäs. Den 21 april invigdes bollhallen med Nordiska mästerskapet i handboll för pojkar. Första säsongen gick bättre än någon vågat hoppas på och herrarna slutade på en tredjeplats medan damerna tog femteplatsen i sin serie. Juniorverksamheten inleddes också och intresset var stort. Ekenäs stad ställde sig positiva till handbollen och hjälpte till ekonomiskt. En tidning som hette Handbollsbladet utkom 1986 för att informera invånarna i Ekenäs om vad som hände handbollsmässigt i staden. EIF handboll gick en intressant tid till mötes där publiken fick se matcher med internationellt motstånd, bl.a. mot Nepals landslag.
Herrlaget kämpade och efter flera år av arbete kunde herrarna äntligen stiga upp till FM-serien efter säsongen 1990-1991. Jämsides med herrarna hade S-flickorna lyckats otroligt fint och tog ett FM guld 1990.
Under kommande år skulle sedan herrarna åka upp och ner mellan FM -serien och division 1 och år 2005 , EIF: 100-års jubileum till ära, steg herrarna än en gång till mästerskapsserien.
Under de senaste åren har EIF handboll satsat på juniorhandbollen och från och till har herrarna spelat divisionshandboll.
EIF handboll är nu starkare än någonsin. EIF har juniorlag i nästan alla klasser. På damsidan spelas det i div 1 och herrarna tog i år steget upp till ligan.